W roku 1821 Ordynat Stanisław Zamojski zdecydował się rozpocząć budowę nowego kościoła jako nekropolię dla Zamojskich, dlatego że w roku 1774 wprowadzono zakaz grzebania zmarłych w kościołach usytuowanych wśród zabudowy mieszkalnej. Kościół nowy dlatego został wybudowany nie na miejscu rozebranego, lecz na cmentarzu grzebalnym i został dedykowany patronowi fundatora Św. Stanisławowi, co praktykowano w przypadku świątyń nekropolii. W roku 1833 w kościele w Wielączy pochowano 4-letniego Jerzego, bratanka Ordynata, syna Andrzeja i Róży z Potockich. Fakt ten upamiętnia epitafium wbudowane w ścianę Prezbiterium.
Z czasem okazało się, że władze Królestwa Kongresowego nie egzekwują restrykcyjnych przepisów pogrzebowych wobec arystokratów korzystających z nekropolii świątyń w małych miastach. Zamojscy uzyskali zgodę na użytkowanie nekropolii w Kolegiacie Zamojskiej.
Fakt, że kościół w Wielączy miał być nekropolią miał istotne znaczenie, jeśli chodzi o styl tego kościoła. Nekropolie dla możnych rodów były wtedy budowane w stylu neogotyckim.
Plany budowy kościoła przygotował Budowniczy Generalny Ordynacji Zamojskiej w Szczebrzeszynie Wacław Ritschel. Stanisław Zamojski zwrócił jednak te plany autorowi jako za drogie, a przysłał plany na kościół gotycki jak sądził o połowę tańszy. Były to plany przeniesione z kościoła w Pilicy od księżnej Wittemberskiej.
Ritschel gruntownie przerobił projekt z Pilicy zachowując styl kościoła z Pilicy, dlatego Ritschla uznaje się za architekta kościoła w Wielączy.
W roku 1825 kościół został ukończony w stanie surowym, jednak jeszcze przez trzy lata w nim nie odprawiano. W roku 1829 dekorację malarską wnętrza wykonał Tadeusz Różycki. Konsekracji dokonał w roku 1832 biskup lubelski Józef Marceli Dzięcielski.
Kościół w Wielączy przetrwał w niezmienionej formie do dnia dzisiejszego. Wybudowany w fazie wczesnego neogotyku, nazwanego romantyczną fazą, należy do najstarszej świątyni neogotyckiej w Polsce zachowanej do dziś, zbudowanej od fundamentów i przetrwałej w formie nie zmienionej.
Kościół w Wielączy mimo małych rozmiarów pełnił prestiżowe funkcje. Usytuowany w pobliżu rezydencji Zamojskiego w Klemensowie, wkomponowany w kompozycję widowiskową zintegrowaną z klemensowskim parkiem, stał się ważnym elementem krajobrazu. Funkcję dominant pełniły często niewielkie kościoły w Europie Środkowej, a także w Polsce np. w Puławach.
Od roku 1750 w stylu neogotyckim w Anglii, Niemczech, Austrii i w Polsce budowano mauzolea – kościoły połączone z pałacami i parkami krajobrazowymi. We Francji pod koniec XVIII w. i na początku XIX w. propagowano model grobu indywidualnego w środku pola właściciela.
Ten model nie przyjął się w Polsce, żeby właściciel leżał samotnie na polu, dlatego budowano świątynie jako grobowce usytuowane na wsi. Kościół w Wielączy należy do grupy kościołów mauzoleów. Były to kościoły: w Pilicy, Opatówku, w Wilanowie, w Kszeszowicach pod Krakowem. Nie było to dziełem przypadku, bowiem wszyscy ci fundatorzy się znali, a ponadto chcieli iść za trendami budownictwa współczesnej Europy.
